三国志战棋版S6的城池结构发生了重大变化，新增了水战设计，因此城池也包括了建在水中的城池。以下将详细介绍三国志战棋版S6城池玩法的改动。
1、资源州的地图
绿色表示码头城，蓝色为水寨，白色是普通城池。
2、城池缺口改动
现在城池的高级别与缺口数量成正比。从六级城池开始，不需要通过城门，周围都有缺口，击败城防军即可进入（出生州的部分六级城池有缺口但不能通过）。
3、亲卫城防军改动
七级城池以上仍有亲卫城防军，但现在可以直接攻打，不一定要集结。
4、城池防守改动
由于城池缺口增多，需要大量主城堵路，否则容易被攻破，如水寨、码头城等。
5、攻城目标改动
攻占的目标有所改动，现在需要占领驻军旁边的所有格子。击败所有城防军团后，还需占领城防军团的格子才算成功。因此，整体流程与以前基本相同。
6、水战地图
现在大部分城池都位于水上（包括出生州），攻城地图也是水战地图，武将默认处于水上，因此提前设置好水上兵种变得非常重要。
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